近年來，在相關部門共同推動下，我國物流（物流行業分析報告）業與制造業融合發展取得了不小進步，但也還存在一些突出問題。

一方面，很多大型制造業企業在物流選擇上，往往習慣于“大而全”“小而全”的自主運營物流業務，屬于簡單功能的一方物流，自建倉儲和運力資源導致基礎設施重復建設和成本大幅增加，影響了物流集約化、專業化水平，社會物流資源閑置浪費嚴重。部分制造企業將物流視為企業成本項，而非提升供應鏈效率協同的價值項，多聚焦單一環節、局部功能降低物流成本，對供應鏈物流在提升生產率、縮短生產周期、減少庫存占用方面的價值認識不足。另一方面，部分第三方物流企業多聚焦傳統倉儲、運輸或配送等單一領域，專業化、精細化、系統化服務不夠，物流服務多停留在基礎層面，未能深入到制造企業產業鏈供應鏈的核心環節，使得制造業企業不愿意外包物流服務。

目前，我國物流自動化率平均水平僅有20%。據京東物流研究院統計，目前仍有約49.2%的企業未使用任何倉儲物流自動化設備，已使用的自動化設備滲透率也普遍較低，智能分揀設備和智能裝卸設備滲透率只有11.9%左右。部分制造業企業信息化程度低，與外部物流企業、供應商、客戶之間的信息共享程度低，使得企業無法及時根據市場需求變化調整物流計劃。此外，制造業涉及眾多行業與產品，不同企業、不同產品的物流包裝、運輸載具、倉儲設施等標準不統一，增加了物流轉換成本與時間成本。

各種基礎設施統籌規劃不夠，港口集裝箱港區中超過50%沒有鐵路專用線，貨物需要在港口碼頭、鐵路場站、貨運站、機場等設施間頻繁轉運，增加了短倒成本。很多制造業園區和集群在產業規劃時沒有考慮到物流規劃，工廠布局、庫房設計、功能定位等不能滿足制造業供應鏈高效銜接的發展需要，導致物流成本增加。