“三北”工程從生態系統整體性出發，打破各行政區域單打獨斗的壁壘，以聯防聯治為重心，科學開展頂層設計。

系統謀劃六期工程。堅持系統觀念，推進工程聯動，統籌區域防沙治沙任務和各項生態工程，統一規劃、統一布局、統一行動，以沙漠、沙地、流域、山系等自然地理單元為重點，科學謀劃布局“三北”六期工程，設置一級重點項目68個。以林長制為抓手，完善考核評價指標和督查制度。

建立聯防聯治工作機制。制定“三北”工程聯防聯治工作方案，建立“上下統一、協同發力”的聯防聯治工作機制，堅持山水林田湖草沙一體化保護和系統治理理念，圍繞沙漠、沙地、流域、山系等自然地理單元，聚焦關鍵要素，在“三北”工程重點區域科學劃定跨區域聯防聯治區，并設立一批重點治理項目。同時，聚焦重點生態區位，因地制宜、分類施策，初步謀劃331國道、晉陜峽谷、庫布其沙漠、新時代“塞罕壩”、環塔克拉瑪干沙漠等一系列聯防聯治重點項目方案。

積極引導社會參與。三北各地相繼成立省級協調機制和領導小組，壓實責任、強化領導，統籌林草、農業（農業行業分析報告）、水利等部門力量，推動防沙治沙從“單要素”向“全要素”治理轉變。鼓勵地方采取“以工代賑”“以獎代補”等模式，通過多種方式組織農民群眾參與項目建設，探索社會參與“三北”工程建設新路徑。積極引導組織“三北”各地政府部門、工青婦聯等組織、央企、國企、私企以及社會團體，提高全民義務植樹盡責率，形成全社會共同參與“三北”工程攻堅戰的良好局面。