重慶市與四川省、貴州省簽署流域橫向生態保護補償協議，實現流域橫向生態保護補償機制在長江干流和重要支流全覆蓋，重慶市及其他相關省份累計撥付補償資金逾7億元。重慶境內水系發達，長江橫貫重慶全境，重要支流嘉陵江、烏江等在重慶境內與長江匯流；河流縱橫，境內流域面積大于100平方公里的河流有274條，其中流域面積大于1000平方公里的河流有42條。

重慶在市內流域橫向生態保護補償模式、補償標準和補償基準上不斷優化機制，推動市內流域面積500平方公里以上且跨區縣的19條重要河流全面建立了跨區縣的橫向補償機制。在跨省生態保護補償機制方面，重慶注重拓面增效。在與四川省、湖南省簽訂長江干流、瀨溪河、酉水河補償協議基礎上，長江干流重慶段實現四川—重慶—湖北流域橫向生態保護補償機制“全線貫通”，川渝嘉陵江流域、渝黔烏江流域，以及前河、阿蓬江等重要支流新納入生態保護補償范圍。

相關合作同時注重精準科學，因地制宜選取水（水行業分析報告）生態環境要素指標，提升補償機制的針對性和有效性。重慶市與貴州省簽署的烏江流域生態保護補償協議中，雙方統籌烏江流域“高水平保護”與貴州磷化工產業“高質量發展”，將“總磷”作為核心補償指標，以總磷年均值0.05毫克/升為限實施雙向補償。

與四川省簽署的長江流域第二輪生態保護補償協議中，將生態流量、自然岸線率、魚類多樣性等全面反映水生態環境的指標納入補償機制范圍，補償與受償不再依據水質“單科成績”，而是水生態“綜合得分”。